Les glandes et les cellules du système glandulaire fabriquent des messagers chimiques appelés «hormones», qui circulent dans le sang et les autres liquides corporels. Ces hormones ont notamment pour fonction de maintenir l'équilibre du milieu intérieur communément appelé l'homéostasie. Elles sont également impliquées dans des processus à long terme, tel que la croissance, et contrôlent les changements survenant à la puberté. Le système glandulaire est en étroite relation avec le système nerveux.
Le système glandulaire (ou endocrinien) est composé de tissus glandulaires isolés, comme la thyroïde, mais également de tissus contenus à l'intérieur des organes, notamment au niveau du cœur et des ovaires. Pour contrôler et coordonner les fonctions biologiques, ce système agit par l'intermédiaire des hormones qui agissent de façon comparable aux signaux électriques du système nerveux. De plus, ces deux systèmes (glandulaire et nerveux), reliés au niveau du cerveau, fonctionnent en collaboration, ayant leur propre rythme et leurs caractéristiques distinctes. De ce fait, les hormones ont une action plus lente et prolongée contrairement aux nerfs qui ont une action plus courte et rapide.
Les différents organes du système endocrinien sont situés dans des régions parfois très éloignées de l'organisme. L'hypophyse est dans la boîte crânienne, la thyroïde dans le cou, le thymus dans le thorax, les glandes surrénales et le pancréas dans l'abdomen, les ovaires et les testicules dans le bassin. Les hormones qu'elles libèrent régulent les pulsions et les émotions fondamentales, comme les pulsions sexuelles, la violence, la colère, la peur, la joie et le chagrin. Elles stimulent également la croissance et l'identité sexuelle, contrôlent la température corporelle, contribuent à la réparation des tissus lésés et aident à générer de l'énergie.
L'hypothalamus est un amas de cellules nerveuses se chargeant de créer le lien entre les systèmes nerveux et glandulaire, il assure l'équilibre des substances régulatrices de la sécrétion d'hormones.
La glande pinéale ou épiphyse est de la taille d'un pois au centre du cerveau. Elle confectionne la mélatonine, une hormone en partie responsable des rythmes biologiques comme les périodes veille-sommeil et le développement sexuel.