Ils sont, contrairement aux testicules, à l'intérieur de l'abdomen. Les ovaires sont des glandes génitales. Ils deviennent fonctionnels à la puberté. Ils fabriques des hormones : les œstrogènes et la progestérone. Ce sont des hormones féminines et elles sont responsables de l'apparition des caractères sexuels secondaires de la femmes : l'apparition des seins, la pilosité, la répartition des graisses,...
La sécrétion d'hormones sexuelles féminines est cyclique par période de 28 jours environ : d'abord une phase de maturation des ovules grâce à la sécrétion des œstrogènes puis l'ovulation vers le 14e jour de chaque cycle et la 2e phase de préparation de la muqueuse utérine à la nidation grâce à la progestérone pour un éventuel ovule fécondé par un spermatozoïde.
Lorsque le système hormonal féminin est déséquilibré, l'ovulation peut ne pas avoir lieu, la femme n'aura pas de règle, elle sera stérile.

L'hypothalamus est une zone située tout au centre du cerveau, il représente moins de 1% du volume total. L'hypothalamus se retrouve juste au-dessus de l'hypophyse, relié par une tige qu'on appelle la tige pituitaire. Il assure un double rôle de contrôle des sécrétions hormonales de la glande hypophyse, considérée comme le "chef d'orchestre" des autres glandes de l'organisme ainsi que de l'homéostasie (maintien des paramètres biologiques de l'organisme), il intervient également dans le comportement sexuel et les émotions. Il fait partie d'un système appelé le système limbique (impliqué dans les émotions).
Grâce à la relation étroite qu'il possède avec l'ensemble du corps, l'hypothalamus contrôle les fonctions comme la soif, la faim, la régulation de la température interne (par frissons et transpiration), les fonctions respiratoires et cardiaques (rythme cardiaque et constriction des vaisseaux sanguins). L'hypothalamus joue un rôle important dans les changements d'émotions et d'humeur.
L'hypothalamus sécrète plusieurs hormones dont les libérines, qui sont les hormones susceptibles de donner des ordres à l'hypophyse et en particulier à la partie antérieure de l'hypophyse (l'antéhypophyse), par l'intermédiaire de la tige pituitaire.
Il s'agit de :

• La corticolibérine ou CRF : va donner des ordres à la glande surrénale pour fabriquer le cortisol (sorte de cortisone naturelle)
• La somatocrinine ou GH-RH et la somatostatine, qui agissent sur la sécrétion de somathormone (hormone de croissance : effet de sécrétion, inhibition)
• La thyréolibérine ou TRH qui agit sur la sécrétion de thyréostimuline, qui stimule la sécrétion des hormones thyroïdiennes.
• La dopamine, sécrétée en petites quantités par l'hypothalamus, contrôle la sécrétion de prolactine et celle des catécholamines (adrénaline, noradrénaline)
• La gonadolibérine ou GNRH (gonadotrophin releasing hormone = hormone de libération des gonadotrophines), ou LH-RH (luteinizing releasing hormone = hormone de libération de l'hormone lutéinisante), qui agit sur la sécrétion des gonadotrophines.

La glande la plus importante de tout le système glandulaire est l'hypophyse ou la glande pituitaire. Elle est composée de deux parties très distinctes. En avant, le lobe antérieur, appelé anté-hypophyse ou dénohypophyse, assure la plupart des fonctions de cette glande; situé à l'arrière, le lobe postérieur est aussi baptisé post-hypophyse ou neuro-hypophyse. Le lobe antérieur synthétise huit hormones majeures, qu'il relâche dans le flux sanguin. Quant au lobe postérieur, il reçoit ses deux principales hormones de l'hypothalamus, leur lieu de synthèse, via des neurones sécrétoires. Ceux-ci produisent aussi des facteurs régulateurs, qui contrôlent l'activité du lobe antérieur par le flux sanguin.

• Peau : elle s'assombrit lorsque la mélanostimuline (hormone mélanotrope), produite par la lobe antérieur, stimule la synthèse de mélanine dans les cellules de l'épidermer
• Glande surrénales: l'hormone corticotrope (ACTH) de l'hypophyse stimule la production d'hormones stéroïdes impliquées dans la réponse au stress et le métabolisme des acides gras et sucres.
• Thyroïde: la thyréolibérine (TRH) produite par l'hypothalamus régule la libération de thyréostimuline (TSH) par l'hypophyse. Cette hormone stimule la production d'hormones thyroïdiennes par la glande thyroïde.
• Os et croissance: l'hormone de croissance (GH) agit sur l'ensemble du corps pour activer la synthèse des protéines, la croissance des os et l'élaboration tissulaire. Elle joue un rôle clé dans la croissance et dans le développement des enfants.
• Glandes Sexuelles: l'hormone lutéïnisante (LH) et l'hormone folliculo-stimulante (FSH) contrôlent le fonctionnement des glandes sexuelles et stimulent la synthèse des hormones sexuelles.
• Muscles Utérin et glandes mammaires: l'ocytocine du lobe postérieur stimule les contractions de l'utérus pendant l'accouchement. Avec la prolactine du lobe antérieur, elle stimule la sécrétion du lait de la glande mammaire lors de la tétée.

La médulla interne et le cortex externe da la glande surrénale secrètent différentes hormones. Les hormones corticales, comme les glucocorticoïdes (cortisol), sont des stéroïdes et agissent sur le métabolisme. Les minéralocorticoïdes, comme l'aldostérone, interviennent dans les équilibres ioniques. Enfin, les gonadocorticoïdes ont une action sur les ovaires et les testicules. La médulla fonctionne comme une glande indépendante liée au système nerveux sympathique.

Hormones surrénaliennes

Les hormones surrénaliennes de la zone corticale sont impliquées dans la régulation de l'homéostasie interne (équilibre du milieu intérieur), tandis que les hormones médullaires participent à la réponse au stress.

• Aldostérone

Secrétée par la zone périphérique du cortex, cette hormone favorise la réabsorption du sodium et l'excrétion du potassium dans l'urine pour maintenir la volémie et la pression artérielle.

• Cortisol

Produite dans la zone intermédiaire du cortex, cette hormone contrôle l'utilisation des graisses, des protéines et des hydrates de carbone par l'organisme.

• Gonadocorticoïdes

Produite dans la couche interne du cortex, elle influence la spermatogenèse chez les hommes et la pilosité chez les femmes.

• Adrénaline et noradrénaline

Ces hormones médullaires travaillent avec le système nerveux sympathique pour augmenter le rythme cardiaque et la pression sanguine, et prépare le corps à l'action.

Les principales glandes sexuelles sont les ovaires (chez la femme) et les testicules (chez l'homme). Les hormones sexuelles qu'elles produisent stimulent, respectivement, le développement des ovocytes et des spermatozoïdes. Elles influencent également les stades de développement sexuel précoce d'un embryon. Après la naissance, leur production reste très faible, mais à la puberté, les androgènes et les œstrogènes contrôlent l'apparition des caractères sexuels.